As suas origens remontam ao reinado de Manuel I de Portugal (1495-1521) quando o Bispo do Algarve, D. Fernando Coutinho, aí fez levantar um castelo e uma torre de farol, como parte do sistema de defesa da costa dessa região.
No reinado de D. João III (1521-1557) foi edificada uma fortificação para proteger o convento e os inúmeros romeiros que o procuravam.
A primitiva estrutura, arrasada em 1587 pelo ataque do corsário britânico Francis Drake, foi reconstruída a partir de 1632 sob o reinado de Filipe III de Portugal (1621-1640). Os modernos baluartes erguidos na ocasião, foram arrasados pelo maremoto conseqüente do terramoto de 1755.
Como na Fortaleza de Sagres, a partir de 1793 a rainha D. Maria I (1777-1816) iniciou a reconstrução da estrutura, actualmente restaurada.
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Fonte: Wikipedia