Apresenta planta quadrangular, em forma de estrela, com quatro baluartes em cada, com rampas de acesso a cada um.
Os terrenos onde foi erigido o forte pertenciam às terras daGomeira e o local onde mais tarde o forte foi erguido pensa-se que serviram de assento à Torre da Raposa, uma torre de menagem mourisca semelhante à Torre de Aires e que serviam de atalaia para vigia da costa, da qual apenas se conhece a sua existência por autores do século XVI.
Remonta ao contexto da Guerra da Restauração da Independência Portuguesa, erguido por iniciativa de Nuno de Mendonça, 2º conde de Vale de Reis, enquanto Governador das Armas do Reino do Algarve em 1656. Foi ampliado em1670, estando esses trabalhos concluídos em 1672. Supõe-se que o engenheiro militar francês Pedro de Santa Colombaesteve envolvido nos seus planos de arquitectura, o que aconteceu com outros fortes próximos. O italiano João Vanicelli, mestre de campo dos exércitos do Algarve, também foi apontado entre os arquitectos. Mateus do Couto é outro nome também referenciado.
Planta do Forte de São João da Barra (1784), da autoria do engº militarJosé Sande de Vasconcelos
Danificado pelo terramoto de 1755, foi remodelado em 1793,[5] no reinado de Maria I de Portugal.
Após a Guerra Civil Portuguesa (1828-1834), foi parcialmente desactivado, conservando uma pequena guarnição até 1897.
A primeira Escola Oficial para rapazes da freguesia da Conceição funcionou no forte desde 1857 até 1865, data da conclusão das obras do edifício da actual Escola do 1º Ciclo da Conceição.
Serviu de posto da Guarda fiscal de Cabanas até 1905, quando foi vendido a um particular, a troco do compromisso de construir um novo edifício para o dito posto mais próximo da povoação de Cabanas.
Classificado como Imóvel de Interesse Público, actualmente constitui-se num empreendimento turístico.
