Este forte foi erguido ao final do século XIX, assim como outros que lhe são contemporâneos ao longo da antiga via militar, com a função de servir como defesa última da capital, integrando o Campo Entrincheirado de Lisboa.

No início do século XX, no contexto da crise que conduziu à queda da Primeira República e à implantação do Estado Novo no país, o forte sofreu um assalto numa tentativa de golpe militar, a 13 de Agosto de 1924. A ação teria sido articulada por um comité integrado por João Lopes da Silva Martins Júnior, que desejava pôr o partido radical no poder tendo como chefe Gomes da Costa, e como futuro ministro do Trabalho José Carlos Rates, Secretário-geral do Partido Comunista Português.

Ao longo de sua história, o forte foi utilizado como quartel militar e como fábrica de munições.

Atualmente encontra-se inscrito numa zona degradada da cidade em fase de requalificação.

A cerca de cinquenta metros dos seus muros passa o novo troço do Eixo Norte-Sul, o que provocou a construção de um túnel.

• No final do séc. passado o Ministério da Cultura e o Ministério da Defesa Nacional chegaram a um protocolo que visava o uso de parte do Forte da Ameixoeira pelo Ministério da Cultura, que tencionava requalificá-lo para abrigar reservas técnicas patrimoniais dos museus, palácios e monumentos nacionais.
• Em 2004 cogitou-se da instalação, no Forte, dos vários serviços de inteligência República portuguesa e, posteriormente, apenas do Serviço de Informações de Segurança, seu actual ocupante.