À época da Reconquista cristã da Península Ibérica, uma onda de assaltos das forças do Califado Almóada, sob o comando do califa Abu Yusuf Ya'qub al-Mansur, determinou o recuo das fronteiras cristãs para a linha do rio Tejo (1190-1191). Nesse contexto, em 1194, D. Sancho I (1185-1211) doou a região entre o rio Zêzere e o rio Tejo, denominada Guidintesta, Guidi in testa ou ainda Costa, ao prior da Ordem dos Hospitalários, D. Afonso Pais, para ali se construir um castelo, denominado de Belver pelo monarca. Em 1210, quando D. Sancho I ditou o seu testamento, os Hospitalários, já ali instalados, receberam parte expressiva de sua herança, acreditando-se, por fontes coevas, que o castelo estivesse concluído entre esse ano e o de 1212.
Durante o reinado de Sancho II de Portugal (1223-1248) guardavam-se aqui os dinheiros do tesouro real.
Entre 1336 e 1341, a vila de Belver e seu castelo constituíram uma das Comendadorias mais importantes da Ordem do Hospital, embora a sua Sede e a Casa Capitular tenham permanecido em Leça do Balio.
Após a crise de 1383-1385, sob o reinado de D. João I (1385-1433), as guerras com Castela renovaram a importância estratégica da posição lindeira de Belver. Por esse motivo, já por volta de 1390, o Condestável D. Nuno Álvares Pereira mandou reconstruir as suas primitivas defesas, das quais só se conserva hoje a parte inferior da torre de Menagem.
No século XVI foi habitado pela princesa Joana. Afirma ainda a tradição popular que, na juventude, o poeta Luís Vaz de Camões aqui esteve encarcerado (1553).
Ao se iniciar a dinastia filipina (1580), o castelo e a sua povoação se mantiveram fiéis a D. António, Prior do Crato. Data desse período, final do século XVI, a construção da capela sob a invocação de São Brás. No contexto da Restauração da independência portuguesa, há notícia de que o arquiteto Cosmander teria procedido reforços nas defesas do antigo castelo.