Refundado em 1314 pela Rainha D. Isabel de Aragão, o Mosteiro de Santa Clara cedo se transformou numa das mais emblemáticas obras do reino, sendo responsável o importante arquitecto Domingo Domingues.
A igreja foi sagrada em 1330 mas, logo no ano seguinte, registou-se a primeira inundação do complexo.
As restantes dependências monásticas foram construídas em paralelo com as cheias e, no sec. XVI, a constante subida do nível das águas obrigou ao abandono do local, transferindo-se as religiosas para o Mosteiro de Santa Clara-a-Nova.
As escavações arqueológicas iniciaram-se em 1995 permitindo identificar as ruínas do claustro entre muitos outros materiais.