S. Sebastião é o padroeiro desta freguesia comemorando-se a 20 de Janeiro. Inicialmente a sua festa ocorria neste dia mas há alguns anos começou a festejar-se no Domingo mais próximo desta data.
A paróquia de S. Sebastião da Calheta de Nesquim já existe desde 1680, pelo menos, pois sabemos que, nesse ano já existia um pequeno templo, não se sabe de que invocação. A construção da actual igreja iniciou-se a 8 de Julho de 1851 para terminar com as luzidias cerimónias da benção a 7 de Setembro de 1856. Foi construída sobre as ruínas duma ermida que ali existiu no século XV. Foi seu grande impulsionador o Pe. António Silveira de Ávila, que permaneceu na Calheta de Nesquim durante largos anos. É um templo com duas torres sineiras e adro sobranceiro ao mar.
Em 1948, foram colocados novos sinos e um relógio no frontispício da igreja bem como as imagens de Santa Filomena e Santa Teresinha graças a Lourenço Oliveira, um emigrante bem sucedido nos Estados Unidos da América e daqui natural. Em 1983, a igreja sofreu obras de restauro com o apoio de Emília Vieira da Silva uma paroquiana residente nos Estados Unidos da América, da Junta de Freguesia, da Câmara Municipal das Lajes do Pico e do Governo Regional dos Açores.
